▏ 背景

▏ 傳統(tǒng)多重PCR STR檢測及其局限性

目前，細(xì)胞系鑒定的傳統(tǒng)方法是基于聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR）的短串聯(lián)重復(fù)序列（STR）分型技術(shù)。該技術(shù)利用特異性引物擴增多個（通常為9-24個）具有個體間長度多態(tài)性的STR位點，生成獨特的DNA“指紋”圖譜，用于識別細(xì)胞系身份和追蹤樣本來源。

      然而，該方法存在顯著局限性：
      檢測位點有限：僅覆蓋9-24個STR位點（取決于試劑盒），區(qū)分能力不足。
      區(qū)分近緣樣本困難：對遺傳高度相似的樣本（如近交系小鼠細(xì)胞、同源腫瘤譜系）準(zhǔn)確性低。
      MSI干擾：MMR基因突變導(dǎo)致微衛(wèi)星不穩(wěn)定（MSI），引發(fā)遺傳漂變、污染細(xì)胞過度生長及STR誤      判。 靈敏度不足：理論靈敏度5-10%，實際應(yīng)用中有時無法檢出高達20%的污染。
      鼠細(xì)胞鑒定困難: 在小鼠細(xì)胞系中表現(xiàn)不佳（如研究顯示42個樣本僅21例結(jié)果一致，PLOS ONE, 2019）。
 

▏ 深度測序（CLA with Deep Sequencing）技術(shù)

      基于靶向測序600+ SNP位點及染色體片段的深度測序（3000X覆蓋）與智能分析，深度測序（CLA with Deep Sequencing）技術(shù)可同步實現(xiàn)細(xì)胞系高精度鑒定、微量污染檢測（1%靈敏度）及多維度遺傳解析。

核心優(yōu)勢：
靶向測序：使用含 600+ SNP 和染色體片段的面板，結(jié)合 3000X 高深度測序，精準(zhǔn)描繪遺傳特征。
智能分析：依托先進生物信息學(xué)，不僅能檢出 SNP，更能分析其頻率，提供深度信息。
高通量能力：單次運行可處理數(shù)百樣本，遠(yuǎn)超傳統(tǒng) STR 的低通量。
多功能一體：兼具傳統(tǒng) STR 不具備的功能：檢測病毒/支原體污染、鑒定人類性別等遺傳特征、追蹤遺傳漂變與系統(tǒng)發(fā)育、精確定量混合樣本污染。

      基于此，NGS 已成功構(gòu)建大型 SNP 指紋庫（如涵蓋 >1200 種人癌細(xì)胞系和 30 種小鼠細(xì)胞系），點擊此處查詢SNP指紋庫信息。

總結(jié)：深度測序CLA技術(shù)憑借其深度覆蓋、高分辨率、高通量、高靈敏度和多功能性，在細(xì)胞系鑒定領(lǐng)域超越了傳統(tǒng)的基于PCR的STR檢測方法。

 

▏ 深度測序CLA的獨特功能

▏ 自動化流程與交付

周期：5-7天（樣本接收到報告）
報告內(nèi)容：污染比例、SNP相似性評分、支原體/病毒狀態(tài)。
示例報告：CrownChipReport_CCK81-DEMO.html

▏ 應(yīng)用場景

制藥公司：IND申報需FDA要求的生物樣本驗證。
科研機構(gòu)：NIH資助和期刊（如Nature）強制要求CLA。
生物銀行：高通量樣本庫的質(zhì)量控制。